[bull-ia] Offre de thèse (LS2N, Nantes) — Méthodes Algorithmiques d’Exploration de Graphes modélisant les Relations entre Spectres obtenus par Spectrométrie de Masse

Bonjour,

L’équipe ComBi du LS2N (Nantes), en co-encadrement avec l’unité BIA de
l’INRA de Nantes, dispose d’une bourse de thèse en Informatique dans le
cadre du projet ANR “DeepProt: vers une meilleure connaissance des
protéomes”.

* Lieu et date de recrutement :

Le/la doctorant/e sera accueilli/e par le laboratoire LS2N de
l’Université de Nantes et travaillera en collaboration étroite avec
l’unité BIA de l’INRA. Le doctorat débutera en septembre 2019.

* Direction de thèse : Guillaume Fertin (LS2N), co-encadrement Dominique
Tessier (INRA)

* Contacts : guillaume.fertin@univ-nantes.fr, dominique.tessier@inra.fr

* Mots-clés : méthodes algorithmiques, protéomique, graphes

* Date limite de candidature: 20 mai 2019

La description plus détaillée du sujet est fournie ci-dessous.

La protéomique fait référence à la discipline scientifique qui vise à
identifier, quantifier et caractériser les protéines à grande échelle.
L’approche expérimentale la plus utilisée est capable de générer des
dizaines de milliers de spectres expérimentaux en environ une heure
d’analyse. L’usage d’un logiciel est indispensable pour traiter ce
volume de données, mais à l’heure actuelle, 40 à 75 % des spectres
restent non interprétés après analyse. La présence de modifications
chimiques portées par les protéines est l’hypothèse la plus répandue
pour expliquer ce faible taux d’interprétation.
Le logiciel SpecOMS développé dans le cadre d’une thèse précédente,
permet de comparer des dizaines de milliers de spectres expérimentaux à
des centaines de milliers de spectres modélisés à partir d’une banque de
protéines, ceci en quelques minutes sur un poste de travail standard.
Cette rapidité permet d’obtenir un graphe représentant l’ensemble des
relations de similarité entre les spectres. L’objectif du projet de
recherche est de développer de nouveaux algorithmes pour améliorer
l’interprétation des spectres expérimentaux générés par les expériences
de protéomique en manipulant ce graphe, puis d’en déduire la liste des
protéines présentes dans le mélange analysé avec des informations
détaillées sur leurs modifications.

Profil et compétences recherchées

* Homme/femme, niveau bac+5 en cours ou obtenu (Master 2, école
d’ingénieur, ou équivalent) dans l’une des spécialités suivantes :
informatique, bioinformatique ou mathématiques appliquées

* La thèse comporte une forte composante de modélisation, de conception
algorithmique et de développements informatiques. Un profil “formation
initiale en informatique” est donc fortement souhaité

* Capacité à travailler en équipe dans un contexte interdisciplinaire

* Fort intérêt pour les applications biologiques indispensable même si
aucune connaissance préalable en biologie n’est nécessaire

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